1999年4月22日，经过半年的筹备，农家女学校首期种植班开课，36名来自河南、天津、新疆、河北、山东、安徽、北京等地的学员，参加了培训。
    2000年4月，农家女学校二期工程圆满峻工，新装修的学员宿舍和两栋教室，为培训班提供了必要条件。
    2000年6月，美籍华人、陶艺艺术家储荟芸女士将自己在华4年中用心血做成的106件陶艺艺术品展览义卖的32万元人民币，捐给了农家女学校，成立“农家女助学金”，用来资助中国西部贫困地区辍学女孩到农家女学校学习一门技能。
    2000年10月9日，爱尔兰副总理哈尼女士及其驻华大使、中央外办、全国妇联、国家安全部的领导参观视察学校后给予了很高的评价。
    2001年7月7日，农家女商标经国家工商行政管理局商标局批准，正式注册生效。该商标核定服务项目为第41类，用于函授课程、学校（教育）、讲课、实际培训、安排和组织培训班、流动图书馆、课本出版、录像带发行、录像带出租、俱乐部服务（教育和服务）。
    2001年8月31日，学校校长吴青在菲律宾首都马尼拉被授予2001年拉蒙.麦格赛赛基金会“公众服务奖”，以表彰她在提高妇女地位方面作出的杰出贡献。
    2002年5月19日，农家女学校师生共计27人到北京航天航空大学参加中国教育电视台《清清校树》栏目交流，中央电视台进行了跟踪拍摄。
    2003年3月1日，农家女学校代表队参加中国教育电视台《创想之夜》节目组拍摄的全国大型公益项目“蓝天爱心计划”而现场录制的主题为《关爱母亲关爱健康》特别专题节目，最终用真情赢得了第二名。
    2003年3月27日，北京昌平农家女实用技能培训学校在民政局注册为民办非企业法人。
    2003年9月10日，农家女学校吴青校长和北京市第十五中学何贤景校长正式签署了关于两校联合开办社会实践基地的协议书。
    2003年10月28日，首届农家女勤工助学甘肃会宁餐饮服务员培训班正式开班，这是学校首次尝试“勤工助学”模式。
    2004年6月3日，由昌平汇佳私立学校音乐教师吴星光作曲、农家女学校肖亚菲老师作词的《我是自豪的农家女》正式试唱，这首歌正式成为农家女学校校歌。
    2004年9月23日，北京市教委专家团陈斌龙、葛青阳、刘春生、昌平区民办教育葛明军科长来校检查工作，农家女学校被北京市教工委和北京市教委联合评为2004年度民办学校“奉献奖”。
    2005年9月10日，由北京市慈善协会、北京人民广播电台、农家女杂志社共同举办的“见证贫困，改变贫困——我能做什么？”为主题的农家女助学金大型募捐活动在北京东城区文化馆胜利落下帷幕。来自社会各界的爱心人士、企业、群团组织和已就业的农家女学校学员、农家女文化发展中心员工踊跃捐款，本次活动共筹得人民币近20万元。
    2005年12月23日，农家女学校被评为“北京市昌平区民办非企业自律与诚信先进单位”。
    2006年9月6日，农家女学校被共青团中央、中国扶贫基金会等14家机构评为“首届全国社会公益工程十佳示范项目奖”。
    2007年6月，清华大学心理协会的志愿者社团为农家女学校幼师班开展了主题为“战胜自卑、树立自信”的团体心理辅导系列，促进了学员的心智成长。
    2007年9月24日，农家女学校梁红云老师出席了“第二届北京民办教育园丁奖颁奖大会”，荣获“优秀教育工作者”称号。这是北京民办教育协会、北京教育评估院和新京报社共同设立的社会公益奖项，旨在推动民办教育健康发展。
    2008年3月27日，罗兆红校长在北京燕翔饭店出席民办教育特色建设试点校颁牌仪式。农家女学校被北京教科院民办教育研究所“北京市民办学校特色建设”项目组授予“北京市民办学校特色建设试点校”。